小儿糖尿病发病机制争议较大，遗传被认为是导致该疾病的重要因素，环境因素、饮食不当以及病原体感染是重要诱因，其次患儿本身机体免疫因素也可能与糖尿病发病紧密相关。
大部分小儿糖尿病是1型，儿童糖尿病发病在10～14岁之间较多，可能与该年龄阶段生长激素分泌增加有关。秋冬季节发病率高于其他两季，我国糖尿病患儿发病率由北至南呈递减趋势，这可能与寒冷地区易发生上呼吸道感染有关。1型糖尿病是多基因疾病，该疾病具有遗传易感性，研究表明，HLA是糖尿病遗传因素中易感性最重要的，目前已经发现与1型糖尿病相关的基因位点13个，HLA主要由Ⅰ类、Ⅱ类、Ⅲ类基因组成，现阶段认为1型糖尿病与HLAⅡ类基因联系最紧密。Ⅱ类基因包含DP、DQ、HLA-DR三个亚区。1型糖尿病依赖T淋巴细胞，由T淋巴细胞介导胰岛β细胞自身免疫性破坏所致，大部分新诊断的糖尿病患儿胰腺经组织学检查证实为存在胰岛炎，B与T淋巴细胞存在显著浸润现象。
相关研究发现在新就诊的糖尿病患儿中，大部分血清中可检测到病毒特异性抗体IgM，这些可引发糖尿病的病毒有巨细胞病毒、风疹病毒、柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、脑心肌炎病毒等。感染是导致β细胞损伤的开始，一方面病毒会对胰岛β细胞直接感染，另一方面病毒感染会引发胰岛组织自身免疫，损伤胰岛β细胞功能。
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